В 1974 году лаборатория под руководством С.Н. Фёдорова была выделена из института, а в 1979 году на её основе был организован Московский научно-исследовательский институт микрохирургии глаза (МНИИ МГ).
В 1986 году МНИИ МГ был реорганизован в Межотраслевой научно-технический комплекс «Микрохирургия глаза». Даже с учетом перемен, охвативших социальную и экономическую сферу нашей страны, возможности руководства МНТК для того времени были беспрецедентными. Научно-технический комплекс во время Перестройки имел свой валютный счет, мог обслуживать зарубежных клиентов, самостоятельно устанавливать численность сотрудников и размеры их зарплаты, а также заниматься хозяйственной деятельностью вне медицины (например, сельским хозяйством). С.Н. Федоров как директор МНТК активно вел строительство филиалов по всей стране, (а их было открыто 11) и за рубежом (в Италии, Польше, Германии, Испании, Йемене, ОАЭ). Офтальмологическая клиника впервые в мире была оборудована на морском судне «Петр Первый», плавающем по Средиземному морю и Индийскому океану.
В декабре 1987 года С.Н. Фёдоров был избран членом-корреспондентом Академии наук СССР по отделению физиологии, а в апреле 1995 года – действительным членом Российской Академии медицинских наук.
90-годы ХХ в. были периодом активной общественно-политической деятельности С.Н. Фёдорова. Так, в 1989-1991 годах он стал народным депутатом СССР, а также возглавлял партию самоуправления трудящихся. В 1995 году был избран в Государственную думу, в 1996 году выдвигал свою кандидатуру на выборах президента России.
Святослав Фёдоров не только сумел переубедить в этом врачей, но придать делу практический импульс, создав институт с огромным количеством филиалов, наладив сопутствующее производство. Аналогов главному проекту С. Н. Фёдорова - МНТК «Микрохирургия глаза», нет в мире.
Святослав Фёдоров был невероятно разносторонним человеком с энергией, способной придать импульс для творческой работы огромному количеству сотрудников. Его интересовало всё – от микрохирургии глаз до политики и сельского хозяйства, лошадей и самолётов. Он обладал уникальным даром – расширять горизонты и открывать новые направления.
Его часто вспоминают как безусловно яркую харизматичную личность, великолепного оратора, как руководителя, умеющего принимать нестандартные решения, и, безусловно, как учёного, который перевернул представление о роли и значении хирургии в офтальмологии. До него близорукость, дальнозоркость, астигматизм не считались заболеваниями, которые требуют хирургического вмешательства.
2 июня 2000 года жизнь этого человека, талантливого во всем, оборвалась в одночасье. Он погиб в авиакатастрофе: принадлежавший клинике вертолет, на котором С.Н. Фёдоров возвращался с конференции из Тамбова, рухнул на пустырь. Не уцелел никто.
Светлая память близких, друзей, коллег о Святославе Николаевиче Фёдорове жива до сих пор.